あだち充の同名コミックを原作とする人気テレビアニメの劇場版シリーズ第2作。和也が交通事故で突然この世を去ってから1年。「南を甲子園に連れて行く」という和也の遺志を継いで野球部に入部した達也は、黙々と練習に打ちこむ毎日を送っていた。一方、新体操部に入った南は、大会で個人優勝を果たして一躍注目を集めるようになる。それぞれが複雑な思いを抱える中、ついに高校野球の地区大会が始まり……。